Az összes aminosav megtalálható az α-hélixben, de a glicin és a prolin nem gyakori, mivel destabilizálják az α-hélixet. A glicin számos térbeli megkötés alól mentesül, mert nincs benne β szén. … a prolin viszont túl merev.
Melyik aminosav nem található meg az alfa-hélixekben?
Prolin nem található meg a fehérjék alfa-helikális szerkezetében, mivel speciális ciklikus szerkezettel rendelkezik (iminosav nem aminosav)m az ilyen típusú másodlagos szerkezetek fajlagos szélesség és meghatározott számú aminosavmaradék/fordulat. Ezért a prolin alfa-spirális megszakítónak tekinthető.
Miért a glicin alfa-hélix-megszakító?
A prolint és a glicint néha "hélixtörőnek" is nevezik mert megzavarják az α spirális gerinc konformációjának szabályosságát; azonban mindkettő szokatlan konformációs képességekkel rendelkezik, és gyakran fordulatokban fordul elő.
Hol van a glicin az alfa-hélixben?
A helix–turn–helix motívum három pozíciója erősen konzervált. Az alanin általában az 5. pozícióban található az első α hélixen belül; glicin található a 9 pozícióban, a fordulat első pozíciójában; és a valin vagy az izoleucin általában a 15. pozícióban található a második α hélixen belül.
A glicin-maradékok túlnyomórészt az alfa-hélixekben találhatók?
A glicin számos lehetséges fő lánc konformációjával ritkán található meg a hélixekben. Tudva, hogy mekkora valószínűséggel fordul elő aminosav egy alfa-hélixben (az úgynevezett hélix hajlamok), megjósolható, hogy egy fehérjeszekvenciában hol fordulnak elő hélixek.
